L'Ufficio della Inquisizione fu un risultato della loro missione, che portò alla tortura e/o uccisione di milioni di persone innocenti per "eresia".

Quel dipartimento da allora è stato rinominato "Il Santo Uffizio", ma i Gesuiti non si sono mai preoccupati per un cambio di nome. E' incerto anche quanto siano cambiati i loro obiettivi con il passare del tempo. Nè l'organizzazione è molto trasparente e neanche serve gli interessi del Papa. Le cattive reputazioni non vengono facilmente dimenticate.

Nel corso della storia l' Ordine dei Gesuiti è stato collegato a guerra e genocidio, venendo formalmente bandito da molte nazioni, comprese Francia ed Inghilterra. Mentre i ricercatori proclamano che i Gesuiti sono i concreti controllori spirituali del Nuovo Ordine Mondiale.