Ho il dubbio di dire una cosa scontata, non te la prendere, se il dubbio fosse fondato: la posto solo per scrupolo. Preferisco dire scontatezze, che non risolverti il problema.
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Di default, almeno il mio pc lo fa, imposta il "line in" nello stato di "Mute" (c'e' un flag sulla relativa voce).
Questo dovrebbe evitare picchi in uscita.
Bisogna aprire, il menu "volume" (in basso nella barra, a destra, l'icona dell'"altoparlantino". Doppio click e nella colonna "Line in" in basso, c'e' il flag di "Mute" da disabilitare.
Se non fosse presente, devi abilitarlo nelle "opzioni".
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mc