Nelle rare interviste concesse alla stampa, afferma di voler prendere le distanze dai valori del capitalismo e sostiene di volersi dedicare a studi di teologia. Edoardo Agnelli non nasconde di simpatizzare per il marxismo- leninismo in chiave mistica e verso l'Iran sciita, infatti secondo voci non confermate negli ultimi anni cambia nome assumendo un nome islamico. Compare in pochissime occasioni pubbliche e in qualche manifestazione religiosa o antinuclearista. I tentativi di suo padre di inserirlo in attività collaterali del grande gruppo aziendale di famiglia (tra cui anche una breve esperienza nel Consiglio d'Amministrazione della Juventus) non danno buon esito.
La mattina del 15 novembre 2000 il suo corpo senza vita viene trovato ai piedi di un viadotto autostradale della Torino-Savona nei pressi di Fossano. La sua Croma, con il motore ancora acceso, era parcheggiata a lato della carreggiata del viadotto. La magistratura conclude le indagini formulando l'ipotesi del suicidio.
È sepolto a Villar Perosa, nella monumentale tomba di famiglia.
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